Par direkcijas izveides laiku tiek uzskatīts 1993.gada 12.oktobris, kad ar Latvijas Republikas Ministru kabineta lēmuma Nr. 28 "Par Satiksmes ministrijas pagaidnolikumu" 13.punktu tiek izveidota jauna valsts pārvaldes institūcija "Autotransporta valsts inspekcija", turpinot Satiksmes ministrijas darbu autotransporta nozares darba organizācijas uzlabošanas jomā un nododot pārraudzības iestādēm daļu no ministrijai neraksturīgām valsts pārvaldes funkcijām.
Direkcijas izveides laikā par institūcijas direktoru tika nozīmēts Laimonis Purmalis.
1996.gada augusts
Saskaņā ar Ministriju iekārtas likumu izveidota Satiksmes ministrijas pakļautībā esoša valsts pārvaldes institūcija "Autotransporta direkcija".
1999.gada janvāris
Saskaņā ar LR Ministru kabineta rīkojumu Nr.18, ar 1.februāri izveidota Satiksmes ministrijas pārziņā esoša neprivatizējama bezpeļņas organizācija valsts sabiedrība ar ierobežotu atbildību (BOV SIA) "Autotransporta direkcija".
2001.gada decembris
Direktora amatā iecelts Andris Lubāns.
2003.gada marts
Andris Lubāns apstiprināts BOV SIA "Autotransporta direkcija" valdes priekšsēdētāja amatā.
2004.gada oktobris
Valdība pieņem lēmumu par BOV SIA "Autotransporta direkcija" pārveidošanu par valsts kapitālsabiedrību. 2004.gada 12.oktobrī Latvijas Republikas Ministru kabinets pieņem rīkojumu to pārveidot par valsts sabiedrību ar ierobežotu atbildību (Valsts SIA) "Autotransporta direkcija".
2004.gada 1.novembris
Valsts SIA "Autotransporta direkcija" Latvijas Republikas Uzņēmumu reģistrā saņem Komersanta reģistrācijas apliecību "C046283", pārņemot visas tiesības, saistības, funkcijas, mantu un finanšu līdzekļus no BOV SIA "Autotransporta direkcija".
Neraugoties uz strukturālajām izmaiņām tās uzdevums ir bijis viens - panākt vienotu valsts politiku autotransporta komercpārvadājumu licencēšanas un starptautisko autopārvadājumu jomā un kontrolēt pieņemto lēmumu un citu normatīvo dokumentu izpildi. No tiem septiņiem darbiniekiem, kuri 1993.gadā direktora Laimoņa Purmaļa vadībā sāka darbu, direkcijā joprojām strādā Andrejs Broders, Vija Rezevska un Izolda Beļska. Satiksmes ministrija, pēc konkursa rezultātiem, 2001.gada decembrī par jauno direktoru apstiprina Andri Lubānu. Valsts SIA "Autotransporta direkcija" darbības galvenais mērķis ir sekmēt pārvadājumu attīstību un pārvadātāju konkurētspējas palielināšanos.
Licencēšanas daļa organizē un piedalās Autotransporta pārvadājumu uzņēmējdarbības licencēšanas komisijas darbā, kura izskata un pieņem lēmumu izsniegt, apturēt uz laiku vai anulēt licences un licenču kartītes. Ir izveidota datorizēta datu bāze par uzņēmējiem, kuri saņēmuši Eiropas Ekonomiskās kopienas atļaujas un licences un ievadīti visu autotransporta līdzekļu dati, kuriem izsniegtas Eiropas Ekonomiskās kopienas atļauju kopijas un licenču kartītes. Veiksmīgi uzsākts administratīvais darbs, nodrošinot profesionālās kompetences sertificēšanu.
Starptautisko autopārvadājumu koordinācijas daļa koordinē un organizē pasākumus, kas saistīti ar Eiropas Savienības tiesību aktu, starptautisko nolīgumu, konvenciju, rezolūciju un citu ar autotransporta nozari saistītu starptautisku normatīvo aktu prasību ievērošanas nodrošināšanu. Jāatzīmē, ka uzņēmējdarbībai, kas saistīta ar starptautiskiem autopārvadājumiem visu šo laiku ir bijusi tendence pieaugt. 1993.gadā pārvadātājiem izsniedza 24 015 atļaujas, bet 2003.gadā izsniegtas 147 354 atļaujas starptautiskajiem autopārvadājumiem. Nepārtraukti pieaudzis arī Eiropas Transporta ministru konferences daudzkārtējo un universālo starptautisko kravu autopārvadājumu atļauju skaits, kuras izmantojuši Latvijas pārvadātāji.
1995.gadā tika uzsākta pasažieru pārvadājumu kontrole, bet 1996.gadā tiek pieņemti Ministru kabineta noteikumi Nr. 222 "Noteikumi par kontroles kārtību autopārvadājumu jomā", ļaujot veikt komercpārvadājumu kontroli paplašinātā apjomā. Transporta uzraudzības dienesta darbības mērķis ir bijis panākt, lai autotransporta komercpārvadājumi tiktu veikti atbilstoši Latvijas Republikas normatīvo aktu un Latvijai saistošo starpvalstu līgumu prasībām, un lai tiktu nodrošināta valsts, pārvadātāju un patērētāju interešu aizsardzība, bet no 2006.gada 1.janvāra šo darbu turpina valsts tiešās pārvaldes iestāde "Autotransporta valsts inspekcija".
2006.gadā direkcija uzsāk darbību, kas saistīta ar LR Satiksmes ministrijas deleģēto uzdevumu izpildi sabiedriskā transporta jomā un tās reformas sagatavošanu.
2010.gada 17.decembris
Satiksmes ministrija VSIA "Autotransporta direkcija" valdes priekšsēdētāja amatā ieceļ Normundu Narvaišu.
